An der Möllhovenschule werden die Schülerinnen und Schüler klassenweise von einem festen Klassenlehrer unterrichtet. Zusätzlich sind die Klassen über eine Stufenzugehörigkeit organisiert. In der Mittel- sowie Oberstufe gibt es zusätzlich klassenübergreifenden Unterricht, welcher sich an der jeweiligen Stufe orientiert. 

Beispiele für klassenübergreifende Unterrichtsangebote sind:

• Mathematikkurse
• Deutschkurse
• Wahlpflichtangebote 
• Sportunterricht
• Berufsorientierungsmaßnahmen
• Verkehrserziehungsunterricht

Die Stufen sind folgendermaßen strukturiert:

Unterstufe: Klasse 1-4

Mittelstufe: Klasse 5-7

Oberstufe: Klasse 8-10